หลังจากเจ้าชายสามารถปิดผนึกทรายแห่งกาลเวลาและปราบ Vizier ผู้คิดคดทรยศต่อผืนแผ่นดินลงจนบ้านเมืองเริ่มกลับมาส งบสุข (The Sands of Time) อีกครั้งหนึ่ง หลังจากนั้นเจ้าชายจึงได้ออกเดินทางไปยังอาณาจักรของ พี่ชายที่ชื่อ "Malik" ในดินแดน Azad ซึ่งในตอนนี้กำลังถูกข้าศึกรุกโจมตีอยู่ แต่ก็ดูเหมือนกองกำลังของ Malik และเจ้าชายจะไม่สามารถต้านทานข้าศึกที่กำลังรุกรานเข้ามาได้ ทำให้ทั้งสองตัดสินใจปลดปล่อยทรายต้องห้าม เพื่อที่ตนจะได้สามารถสร้างกองทัพมนุษย์ทรายเข้าทำลายข้าศึกได้

แต่ดูเหมือนจะไม่มีใครได้รับรู้ถึงผลข้างเคียงที่ตาม มา เพราะนอกจากทรายต้องห้ามจะทำลายข้าศึกที่เข้ามารุกรา นจนหมดสิ้นแล้ว เม็ดทรายจำนวนมากยังเปลี่ยนผู้คนในเมืองรวมถึงกองทัพ ของ Malik ให้กลายเป็นทรายพร้อมการกำเนิดกองทัพปีศาจจำนวนมากมา ยขึ้น เจ้าชายและ Malik จะทำอย่างไร เขาจะต่อสู้กับกองทัพปีศาจทรายจำนวนมากนั้นได้หรือไม่ คุณคือผู้กำหนดชะตาชีวิตของพวกเขาแล้ว...

เรื่องราวของ Prince of Persia: The Forgotten Sands เริ่มต้นขึ้นที่ปราสาทของ Malik พี่ชายของเจ้าชายเปอร์เซียของเรานั่นเอง ปราสาทได้ถูกข้าศึกโอบล้อมอยู่ การสู้รบเป็นไปอย่างยืดเยื้อและดูท่ากองทัพของ Malik จะไม่สามารถต้านทานเอาไว้ได้ Malik จึงตัดสินใจปลดปล่อยพลังของทรายต้องห้ามสร้างกองทัพทหารทรายขึ้นมา แต่ว่ามันเป็นความคิดที่ผิดพลาด เพราะนอกจากกองทัพทรายจะจัดการศัตรูแล้ว มันยังทำร้ายประชาชนและเปลี่ยนผู้คนเป็นทรายทั้งหมดด้วย ซึ่งกองทัพทรายนั้นจริงๆคือกองทัพปีศาจที่ชั่วร้าย โชคดีที่เจ้าชายของเรา ซึ่งได้พลังทรายแห่งกาลเวลามา สามารถย้อนเวลาได้ล็กน้อย จึงรอดพ้นจากความตายมาได้ เขาต้องต่อสู้เพื่อกอบกู้ประเทศของเขาจากกองทัพปีศาจทราย

ระบบการเล่นของ Prince of Persia: The Forgotten Sands มีการเปลี่ยนรูปแบบของสเกลการต่อสู้จากเดิม ที่เจ้าชายจะสู้กับศัตรูทีละไม่กี่ตัว กลายเป็นการต่อสู้ที่ใหญ่ขึ้นดดยสู้กับศัตรูมากกว่า 10 ตัวพร้อมกัน หรืออาจจะถึง 50 ตัว และระบบที่จะช่วยให้เจ้าชายสู้กับศัตรูจำนวนมากได้ก็คือระบบคอมโบแบบต่อ เนื่อง ซึ่งหลังจากที่เจ้าชายจัดการศัตรูตัวหนึ่งได้ ระบบจะนำทางเจ้าชายหันไปต่อสู้กับศัตรูอีกตัวได้ทันที โดยทีผู้เล่นไม่ต้องกดเปลี่ยนเป้าหมายให้ยุ่งยาก แถมท่าโจมตีก็เป็นวงกว้างชนิดท่าหนึ่งอัดปีศาจทรายร่วงไปหลายตัว จึงทำให้การใช้ท่าคอมโบเป็นไปได้ต่อเนื่องมากขึ้น และบอสภาคนี้ก็จะทำมาขนาดใหญ่สะใจกันไปเลย

ระบบอีกอย่างก็คือภาคนี้จะไม่มีการกดป้องกันตัวแล้ว จะมีให้เพียงกลิ้งหลบการโจมตีเท่านั้น ไม่ก็อัดศัตรูให้ร่วงก่อนมันจะอัดเรา ส่วนอาวุธนั้นจะมีดาบให้ใช้ชิ้นเดียว แต่ว่าถ้าฆ่าปีศาจทรายและได้ทรายมันมาก็จะเอามาอัพเกรดได้ ซึ่งจะเป็นค่าประสบการณ์หรือ XP Point เอามาใช้แลกอัพเกรดท่าต่างๆ ไม่ก็เพิ่มพลังชีวิต พลังโจมตี รวมไปถึงแลกท่าไม้ตายเด็ดๆมาใช้ อย่างท่าดาบลมพายุหมุน

ส่วนเรื่องของพลังเวทมนตร์ ภาคนี้เจ้าชายจะได้รับเวทมนตร์มาจากยักษ์จินนี่ที่ชื่อว่า Razia ซึ่งเป็นเวทมนตร์ที่ใช้ใน การเพิ่มพลังในการปีนป่ายตามที่ต่างๆ อย่างเช่นมีน้ำตกขวางทางอยู่ ก็ใช้เวทมนตร์ทำให้มันแข็งแล้วปีนขึ้นไปได้ เสกน้ำพุตรงกำแพงให้แข็งแล้วโหนข้ามไป หรือสร้างแท่งของแข็งออกมาจากผนังให้เราสามารถปีนขึ้นไปได้ก็มี และถ้ามี XP ก็จะแลกเวทมนตร์ใหม่ๆได้อีกหลายธาตุ ทั้ง ดิน น้ำ ลม และไฟ