หลังจากที่ผจญกับบอสสุดโหดอย่าง Big Daddy ไปในภาคแรก ในภาคที่สองเราจะพลิกบทบาทจากที่โดน Big Daddy ไล่ฆ่า มาเล่นเป็น Big Daddy เองบ้างล่ะ โดยผู้เล่นจะได้รับบทเป็น Big Daddy รุ่นใหม่ตัวแรกแบบโปรโตไทป์ ซึ่งเป็นตัวที่มีความเร็ว พละกำลังและความฉลาดเหนือกว่าตัวจากภาคแรกมาก แถมยังมีอาวุธให้ใช้หลายชนิดด้วย ส่วนเนื้อเรื่องนั้นจะเป็นเหตุการณ์หลังจากภาคแรก 10 ปี






โดยทาง Big Sister หรือเจ้าตัว Little Sisters จากภาคแรกที่กลายเป็นผู้ควบคุมเมืองใต้ทะเลและทำการจับตัวเด็กผู้หญิงทั่ว โลก มาทำให้เป็นแบบเธอให้หมด หน้าที่ของผู้เล่นก็คือตามจับ Big Sister ให้สำเร็จก่อนที่ Big Daddy ตัวอื่นๆจะจับเธอไปได้

นอกจากโหมดเนื้อ เรื่องแล้ว ภาคใหม่นี้ก็จะมีโหมดเล่นยิงกันหลายคนแบบ Multiplayer ด้วย ซึ่งตอนแรกทางผู้พัฒนาไม่คิดจะทำลงไป แต่หลังๆมานี่โปรโมทกันน่าดู โหมดการเล่น Multiplayer ของเกม Bioshock 2 เป็นการนำเอาตัวละครต่างๆของเกมมาห้ำหั่นกันในการต่อสู้แบบตะลุมบอน มีลูกเล่นมากมายอีกด้วย โดยผู้เล่นสามารถใช้สิ่งของต่างๆในฉาก ขว้างปาใส่ศัตรูได้หมด และของกับไอเท็มบางอย่างยังมีคุณสมบัติพิเศษ อย่างแช่แข็ง ไฟลุก เป็นพิษ ฯลฯ อีกด้วย